Dans un territoire non doté d’un plan local d’urbanisme, la protection des arbres est également possible par le code de l’urbanisme .

L’article L 111-22 du code de l’urbanisme stipule que « sur un territoire non couvert par un plan local d'urbanisme ou un document d'urbanisme en tenant lieu, le conseil municipal peut, par délibération prise après une enquête publique réalisée conformément au chapitre III du titre II du livre Ier du code de l'environnement, identifier et localiser un ou plusieurs éléments présentant un intérêt patrimonial, paysager ou écologique et définir, si nécessaire, les prescriptions de nature à assurer leur protection. Cette procédure d’identification par délibération du Conseil Municipal peut être menée à l’occasion de l’élaboration ou de la révision d’une carte communale avec enquête publique.

L’article R421-23-i) indique qu’une déclaration préalable doit être établie lortsque des travaux ont lieu sur un territoire non couvert par un plan local d'urbanisme ou par un document d'urbanisme en tenant lieu, de modifier ou de supprimer un élément identifié comme présentant un intérêt patrimonial, paysager ou écologique, en application de l'article L. 111-22, par une délibération du conseil municipal, prise après l'accomplissement de l'enquête publique prévue à ce même article.

Le classement en EBC d’éléments arborés est aussi possible en l’absence de PLU et dans les départements qui ont instauré la “taxe départementale d’aménagement” (ce qui est le cas dans le département de l’Aube).

Ce classement s’effectue alors par arrêté du Président du Conseil départemental (articles L113-11 et suivants du code de l’urbanisme) et assure une protection réglementaire des arbres de ces espaces.